Населений пункт згадується в письмових джерелах в 1301 р. під назвою Кодеденград.
З 1362 р. Кодня входила до складу Литовського князівства а після його об’єднання з Польщею в 1569 р. – до складу Речі Посполитої.
У 17 ст. село належало родині Сапегів.
В історію України Кодня увійшла трагічними подіями придушення повстання Коліївщини в 1768 р., яке почалося в Холодному Яру поблизу Чигирина під керівництвом М. Залізняка та І. Гонти. Після захоплення ряду міст, в тому числі Умані, яку повстанці взяли штуром, Річ Посполита була змушена звернутися до Катерини II з проханням сприяти в придушенні бунту. Російські і польські війська спільними зусиллями розгромили загони повстанців і жорстоко покарали полонених. В Кодні відбулася масова страта близько 3 тис. повстанців. З нагоди 200-річчя трагедії на околиці села, на козацькому кургані-могилі, було встановлено пам’ятний монумент.
В селі збереглася церква Різдва Богородиці та дзвіниця (1841 р.), побудовані в стилі класицизму. В інтер’єрі храму живопис 20 ст.
У роки незалежності України в Кодні був встановлений пам’ятник Т.Г. Шевченку з рожевого граніту. Поет відвідав ці місця у 1846 р. Є дані, що на цьому місці свого часу стояв костел 19 ст., зруйнований на початку 1980-х рр. Відомо що під селом, знаходяться підземні ходи і за переказами по них можна дійти до Бердичів.
До Другої світової війни діяла в Кодні також синагога.

Джерело: travelua.com.ua