Новый движок способен находить результаты поиска даже в самых скрытых сетях, таких как Tor. Проект Memex создавался якобы для разоблачения торговли людьми, но может быть также использован силовыми структурами для шпионажа и другой деятельности в глобальной сети.

Тысячи сайтов, отображаемые с помощью браузеров для анонимного интернет-серфинга, видны системе Memex. Она способна индексировать миллионы веб-страниц так называемого темного интернета, которые игнорируются традиционными поисковиками вроде Google и Bing.

Темный интернет – область, доступ к которой можно получить с помощью специальных программных средств, таких как Tor. Изначально созданный для защиты неприкосновенности частной жизни, темный интернет часто используется для осуществления незаконной деятельности. Глубоким интернетом, в свою очередь, называют область в открытом сегменте интернета, которая не индексируются традиционными поисковыми системами, такими как Google. Как правило, это внутренние базы данных и форумы внутри сайтов. На них приходится около 95 процентов всего интернета.

Сайты, работающие в тени, такие как торговая площадка Silk Road (закрыта в 2013 году), обеспечивают анонимность своих пользователей в сети через так называемую луковую маршрутизацию. По словам куратора Memex Криса Уайта, которые приводит ресурс IBTimes, таким способом шифруются около 30-40 тысяч сайтов.

Поисковику Memex не видны конкретные пользователи и IP-адреса, зато он автоматически находит скрытые сайты и распознает имеющиеся между ними связи, которые затем могут быть переданы правоохранительным органам для дальнейшего изучения.

По словам министерства обороны США, программа Memex нацелена на борьбу с преступной деятельностью, а не на снятие пелены приватности с темной паутины. Защитники свободы интернета, однако, опасаются, что DARPA дает очень мало информации о работе Memex, а также об истинных целях, преследуемых участниками этого большого проекта.