Річка Уборть дуже звивиста, ширина ріки 20–40 метрів, глибина 0.5–2.0 м. Вона тече вздовж західної межі охоронної зони заповідника і є його природним бар'єром. Річка дуже красиво вписується в природний ландшафт, завдяки невеликим перекатам і живописним берегам. На Уборті в старицях можна побачити яскраві квітки латаття сніжно-білого та глечиків жовтих. Тут зустрічається також рідкісний водяний горіх.
Вздовж східної межі заповідника протікає р. Болотниця, яка утворює границю заповідника біля с. Селезівка. В посушливі роки річка може пересихати. Одна з приток р. Болотниці в охоронній зоні заповідника утворює великий ставок. Місцева його назва озеро Грибове.
р. Жолобниця (ліва притока Болотницi) у верхній течії каналізована і є магістральним каналом Жолобницької осушувальної системи. Каналізоване русло тягнеться серед лісу, а потім впадає в старе русло, яке не може пропустити всю воду. В результаті цього заплава Жолобниці нижче за течією повністю затоплена. Загальна довжина осушувальних каналів Жолобницької системи в охоронній зоні складає 111 км, а площа осушених земель 4578 гектарів. Ці землі вклинюються в центральну частину заповідника. Зараз канали замулились і заросли водно-болотною рослинністю, їх активно заселяють бобри. Осушені колись території знову заболочуються.

Джерело: polesye-reserve.org.ua